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騰訊優(yōu)圖推出卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)深度學(xué)習(xí)算法模型,被知名醫(yī)學(xué)期刊Oncologist收錄

2019/04/29 17:28      IT產(chǎn)業(yè)網(wǎng)


  騰訊優(yōu)圖實(shí)驗(yàn)室聯(lián)合廣東省肺癌研究所吳一龍教授/鐘文昭教授團(tuán)隊(duì),與清華大學(xué)以及國內(nèi)多家中心呼吸科/放射科團(tuán)隊(duì)等共同開發(fā)了基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法的肺結(jié)節(jié)診斷模型,近日,該初步研究成果已被全球癌癥領(lǐng)域知名醫(yī)學(xué)期刊《腫瘤學(xué)家》(《The Oncologist》)收錄并全文發(fā)表。

  隨著低劑量螺旋CT(LDCT)的普及,檢出了越來越多的肺部結(jié)節(jié),使患者得以早期診斷,早期手術(shù)臨床治愈率越高。然而,將CT作為篩查手段仍存在較高假陽性率(即CT發(fā)現(xiàn)的結(jié)節(jié)可能不一定是惡性,或是極度惰性生長(zhǎng)腫瘤),此外激增的CT分析工作也大大占據(jù)放射科醫(yī)師有限的工作時(shí)間和精力。近年來機(jī)器學(xué)習(xí)算法在醫(yī)療領(lǐng)域的大展拳腳(糖尿病視網(wǎng)膜病變/皮膚病/甲狀腺結(jié)節(jié)等),基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法(機(jī)器學(xué)習(xí)算法一類)的肺結(jié)節(jié)診斷模型有望解決這一難題。此次騰訊優(yōu)圖聯(lián)合吳一龍教授/鐘文昭教授團(tuán)隊(duì)及多個(gè)中心等推出的基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法的肺結(jié)節(jié)診斷模型,可有望輔助醫(yī)生提高結(jié)節(jié)檢出率的同時(shí)兼顧良惡性診斷準(zhǔn)確率,大大降低放射科醫(yī)師日常CT讀取工作量,同時(shí)使得更多患者能夠及時(shí)得到早期治療干預(yù),進(jìn)一步降低肺癌相關(guān)死亡率。

  作為騰訊覓影核心AI技術(shù)的提供方,騰訊優(yōu)圖實(shí)驗(yàn)室將持續(xù)通過騰訊覓影,與更多醫(yī)院及醫(yī)療機(jī)構(gòu)展開合作,讓技術(shù)真正應(yīng)用落地。目前,騰訊覓影已與國內(nèi)超過100多家頂級(jí)三甲醫(yī)院達(dá)成合作,共同推進(jìn)AI在醫(yī)療領(lǐng)域的研究和應(yīng)用。此外,依托騰訊云的服務(wù)器,騰訊優(yōu)圖具備進(jìn)行上億規(guī)模的模型訓(xùn)練及合作接入,為技術(shù)落地提供有力的服務(wù)保障。未來,AI+醫(yī)學(xué)有望在推動(dòng)各級(jí)醫(yī)療系統(tǒng)診斷同質(zhì)化,減輕醫(yī)生工作量,提升診斷準(zhǔn)確率和效率方面,發(fā)揮更大的作用。

  以下為詳細(xì)研究?jī)?nèi)容:

  一、分析步驟:

  預(yù)處理模塊:從CT切片中分離出包含肺組織的圖像區(qū)域,閾值0HU去除無關(guān)組織(骨與軟組織),接著使用自適應(yīng)閾值圖像分割方法,建立3維模型;重建3維圖象為標(biāo)準(zhǔn)化的切片厚度和分辨率,以避免不同CT機(jī)器的誤差。

  結(jié)節(jié)診斷模塊:建立3D肺結(jié)節(jié)檢測(cè)網(wǎng)絡(luò)獲得重建圖象的3D特征;在Pythorch平臺(tái)上分兩步訓(xùn)練CNN(卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò))模型,a, (結(jié)節(jié)檢測(cè)網(wǎng)絡(luò)),輸入信息包括圖象和相應(yīng)的位置附加信息;b, 根據(jù)第一步的檢測(cè)網(wǎng)絡(luò)參數(shù)初始化結(jié)節(jié)診斷網(wǎng)絡(luò),并對(duì)輸出圖象和相關(guān)診斷結(jié)果進(jìn)行微調(diào)。

  輸出模塊:在結(jié)節(jié)診斷網(wǎng)絡(luò)計(jì)算出所有結(jié)節(jié)的惡性評(píng)分后,對(duì)其進(jìn)行融合以得出最后的圖象級(jí)惡性評(píng)分。融合圖像級(jí)惡性腫瘤評(píng)分可用公式Pf=1−(1−p1)(1−p2)…計(jì)算。(1−PN),其中P代表結(jié)節(jié)惡性的概率,N代表結(jié)節(jié)的數(shù)目。

  二、研究結(jié)果:

  首先,使用LUNA16和Kaggle數(shù)據(jù)對(duì)模型進(jìn)行預(yù)訓(xùn)練,收集來自廣東省人民醫(yī)院呼吸科放射科,中山大學(xué)附屬第三醫(yī)院放射科,佛山市第一人民醫(yī)院放射科及廣州市胸科醫(yī)院放射科多中心數(shù)據(jù)進(jìn)行模型訓(xùn)練和驗(yàn)證。基于多中心影像數(shù)據(jù)訓(xùn)練后的模型診斷敏感性和特異性分別達(dá)到84.4%和83.0%,AUC為0.855。同時(shí)可以觀察到,隨著訓(xùn)練圖象樣本量的增加,模型整體檢測(cè)靈敏度,特異度以及AUC均增加。同時(shí)我們將該模型算法與Kaggle比賽中第一名算法(Kaggle模型)進(jìn)行基于第三方影像數(shù)據(jù)的比較,基于0.757的特異度水平,該模型的敏感性是0.752而Kaggle模型是0.661(見圖4A),AUC分別是0.803和0.767。

  針對(duì)結(jié)節(jié)直徑大小進(jìn)行亞組分析(0-10mm, 10-20mm, 20-30mm)比較,可以看到,三個(gè)亞組之間均無顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,提示該模型早期微結(jié)節(jié)中同樣具有較高診斷準(zhǔn)確率。此外可以看到,模型對(duì)于腺癌的診斷準(zhǔn)確率最高達(dá)到85.7%,可能是因?yàn)槭艿秸w腺癌占比較高數(shù)據(jù)偏倚導(dǎo)致。

  此外,我們同時(shí)基于前瞻性收集的50例肺部結(jié)節(jié)CT進(jìn)行了人機(jī)對(duì)比,比較了醫(yī)師團(tuán)隊(duì),預(yù)訓(xùn)練模型,訓(xùn)練后模型以及Kaggle第一位模型算法的診斷效力,可以看到預(yù)訓(xùn)練模型與醫(yī)師團(tuán)隊(duì)評(píng)估結(jié)果相近,相比于Kaggle第一位算法兩者均具有更高準(zhǔn)確性,而該訓(xùn)練后模型無論在靈敏度(96.0%),特異度(88.0%)抑或是準(zhǔn)確度(92.0%)上均較其它三者具有更高的診斷效力。

  三、結(jié)論與討論:

  在這項(xiàng)研究中,深度學(xué)習(xí)算法應(yīng)用于肺結(jié)節(jié)臨床檢出與診斷的可行性得到驗(yàn)證,尤其該模型在結(jié)節(jié)檢測(cè)和分類的能力上表現(xiàn)出了優(yōu)勢(shì)。此外,通過與實(shí)際人工檢測(cè)團(tuán)隊(duì),Kaggle排行第一的算法比較,模型使用的CNN算法在結(jié)節(jié)分類能力上也具有相當(dāng)不錯(cuò)的表現(xiàn)。

  不同于未使用真實(shí)世界數(shù)據(jù)或病理結(jié)果對(duì)模型進(jìn)行深入驗(yàn)證的研究,該研究使用改進(jìn)的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和具有病理金標(biāo)準(zhǔn)標(biāo)簽的大數(shù)據(jù)集(855例),對(duì)基于深度學(xué)習(xí)的模型的應(yīng)用進(jìn)行了優(yōu)化,并將其推廣到真實(shí)醫(yī)療環(huán)境中,使其敏感性和特異性達(dá)到了84.4%和83.0%,最大限度地降低了假陽性和假陰性結(jié)果。此外,亞組分析顯示,其對(duì)微小結(jié)節(jié)的檢測(cè)效率(0-10mm)與一般結(jié)節(jié)(10-30mm)具有同等診斷效力。

  同時(shí),該模型的診斷能力也比既往報(bào)道的計(jì)算機(jī)輔助結(jié)節(jié)檢測(cè)工具有更高的敏感度和特異度,同時(shí)該模型隨著數(shù)據(jù)的增加,能進(jìn)一步優(yōu)化其診斷鑒別效能。當(dāng)然該研究也存在一定的不足,相比于既往研究而言,該研究入組的肺結(jié)節(jié)均為臨床診斷早期肺結(jié)節(jié),并非來自于篩查隊(duì)列的數(shù)據(jù),可能無法更真實(shí)反映該模型在早期篩查中應(yīng)用實(shí)際效能;其次我們?nèi)匀粺o法很好區(qū)分出進(jìn)展緩慢的早期結(jié)節(jié),可能需要更多多次隨訪影像資料的納入以更好對(duì)早期篩查患者進(jìn)行分層及指導(dǎo)后續(xù)處理方案;此外該模型納入的數(shù)據(jù)量相較于其他機(jī)器學(xué)習(xí)樣本量仍然較少,還需要在更大樣本量隊(duì)列中進(jìn)一步驗(yàn)證。

  這項(xiàng)研究使用基于深度學(xué)習(xí)算法的模型顯著提高了早期肺癌檢出和診斷的敏感性及特異性,且其診斷效力較經(jīng)驗(yàn)豐富的專科醫(yī)師團(tuán)隊(duì)更優(yōu),顯示出今后應(yīng)用這一類模型算法輔助臨床醫(yī)師日常肺部影像診斷的可行性,同時(shí)提高早期結(jié)節(jié)檢出率及診斷率,使更多患者能夠得到早期治療干預(yù),達(dá)到早期臨床治愈的效果。

  特別感謝所有參與到該研究前瞻性驗(yàn)證的單位(排名不分先后):廣東省人民醫(yī)院,中山大學(xué)腫瘤防治所,中山大學(xué)附屬第一醫(yī)院,中山大學(xué)附屬第三醫(yī)院,中山大學(xué)附屬第五醫(yī)院,中山大學(xué)附屬第六醫(yī)院,汕頭中心醫(yī)院,深圳市人民醫(yī)院,佛山市第一人民醫(yī)院,南京總醫(yī)院,湖南省腫瘤醫(yī)院,北京腫瘤醫(yī)院,北京首鋼醫(yī)院,北京大學(xué)第三醫(yī)院,盛京醫(yī)院,天津總醫(yī)院,天津腫瘤醫(yī)院,復(fù)旦大學(xué)腫瘤醫(yī)院,復(fù)旦大學(xué)中山醫(yī)院,北京胸科醫(yī)院,河南省人民醫(yī)院,河南省腫瘤醫(yī)院,唐都醫(yī)院,福建省腫瘤醫(yī)院,西京醫(yī)院,浙江省附屬第一醫(yī)院,武漢協(xié)和醫(yī)院。

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